RNA免疫共沉淀測序（RIP-seq）

技術(shù)簡介

RNA免疫共沉淀測序（RNA Immunoprecipitation Sequencing, RIP-seq）是一種將RNA免疫共沉淀（RIP）與二代測序技術(shù)（NGS）相結(jié)合，用于研究細(xì)胞內(nèi)RNA與蛋白相互作用的技術(shù)。

技術(shù)原理

利用目標(biāo)蛋白的特異性抗體將相應(yīng)的RNA-蛋白復(fù)合物沉淀下來，經(jīng)過富集和純化后，對(duì)結(jié)合在復(fù)合物上的RNA進(jìn)行高通量測序，從而在全轉(zhuǎn)錄組范圍內(nèi)分析細(xì)胞內(nèi)RNA與蛋白的結(jié)合情況，揭示RNA分子與RNA結(jié)合蛋白（RBP）的相互作用，包括非編碼RNA與蛋白的互作。

實(shí)驗(yàn)流程圖

應(yīng)用領(lǐng)域

• 全轉(zhuǎn)錄組范圍內(nèi)揭示RNA分子與RBP互作：幫助研究人員了解 RBP 在細(xì)胞內(nèi)的作用機(jī)制，以及它們?nèi)绾握{(diào)控 RNA 的代謝過程，如轉(zhuǎn)錄、剪接、轉(zhuǎn)運(yùn)、穩(wěn)定性和翻譯等。

• 發(fā)現(xiàn)miRNA的調(diào)控靶點(diǎn)：通過分析與AGO蛋白等結(jié)合的RNA，確定miRNA的靶mRNA，從而深入研究miRNA在基因表達(dá)調(diào)控中的作用，以及其與疾病發(fā)生、發(fā)展的關(guān)系。

• 研究疾病相關(guān)的RNA-蛋白相互作用：例如在癌癥研究中，揭示腫瘤細(xì)胞中異常的RNA-蛋白相互作用，為腫瘤的診斷、治療和藥物研發(fā)提供新的靶點(diǎn)和思路。

分析流程