Ribo-seq——檢測(cè)正在翻譯的RNA信息，連接轉(zhuǎn)錄組學(xué)與蛋白質(zhì)組學(xué)的橋梁

Ribo-seq技術(shù)原理

翻譯（Translation）是基因表達(dá)的關(guān)鍵步驟，是指信使RNA（mRNA）攜帶的遺傳信息被核糖體解碼并轉(zhuǎn)化為特定氨基酸序列的過程。蛋白質(zhì)翻譯的調(diào)控是高度精準(zhǔn)、多層次、動(dòng)態(tài)化的過程。

在全基因組水平上，轉(zhuǎn)錄與翻譯經(jīng)常存在顯著差異。通過轉(zhuǎn)錄組測(cè)序鑒定的上調(diào)表達(dá)基因中，只有其中20%在蛋白水平上調(diào)。

核糖體印跡測(cè)序（Ribosome profiling, Ribo-seq），能夠精細(xì)解析細(xì)胞內(nèi)的翻譯過程。Ribo-seq的技術(shù)核心是識(shí)別與核糖體結(jié)合的RNA，以及正在被翻譯的約30個(gè)核苷酸。對(duì)核糖體結(jié)合的RNA片段進(jìn)行測(cè)序，能夠精確記錄核糖體在翻譯過程中的位置。將轉(zhuǎn)錄組與Ribo-seq數(shù)據(jù)聯(lián)合分析，可以計(jì)算量化蛋白質(zhì)的合成速率。通過Ribo-seq分析，能夠鑒定新型的uORF、microPeptide、發(fā)現(xiàn)新穎的翻譯調(diào)控機(jī)制以及能夠被翻譯的lncRNA。

Ribo-seq已經(jīng)應(yīng)用于解析生長(zhǎng)發(fā)育與分化、疾病發(fā)生機(jī)制和抗逆分子機(jī)制的研究。

應(yīng)用方向

Ribo-seq應(yīng)用于研究轉(zhuǎn)錄本的翻譯活性、鑒定翻譯起始位點(diǎn)、密碼子使用、ORF位置和mRNA的翻譯調(diào)控機(jī)制。

Ribo-seq技術(shù)已經(jīng)廣泛應(yīng)用在動(dòng)物、植物和微生物的研究中，用于揭示生長(zhǎng)發(fā)育、形態(tài)建成、疾病發(fā)生、逆境脅迫響應(yīng)的調(diào)控機(jī)制。總之，Ribo-seq能從基因組水平檢測(cè)正在翻譯的mRNA序列信息，揭示核糖體在mRNA上的位置和翻譯活性，并幫助解析翻譯調(diào)控機(jī)制。

分析內(nèi)容

● 比對(duì)去除rRNA、tRNA、sRNA等

● Reads長(zhǎng)度分布統(tǒng)計(jì)與長(zhǎng)度過濾

● 比對(duì)參考基因組

● 測(cè)序飽和度分析

● ORF在基因組上的分布統(tǒng)計(jì)與分類

● 三堿基節(jié)律分析

● 翻譯基因統(tǒng)計(jì)與表達(dá)量分析

● 樣本關(guān)系分析

● 組間差異翻譯基因分析

● 差異翻譯基因的GO和KEGG功能富集分析

● ORF的翻譯潛力分析

● ORF的特征分析

結(jié)果展示

Clean reads長(zhǎng)度統(tǒng)計(jì)

Reads在參考基因組不同區(qū)域的分布

P-Site分析

ORF分析

ORF翻譯潛力分析

ORF特征鑒定

uORF對(duì)annotated ORF的影響

Ribo-seq與轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)聯(lián)合分析

我們的優(yōu)勢(shì)

● 實(shí)驗(yàn)周期快、質(zhì)量高、結(jié)果穩(wěn)定可靠。

● 豐富的物種經(jīng)驗(yàn)。

已做物種

人　小鼠　大鼠　豬　家蠶　果蠅　擬南芥　小麥　水稻 玉米　煙草　毛白楊　胡楊　甘薯　甲藻等