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        植物中的染色質(zhì)重塑:復(fù)合物組成、機(jī)制多樣性及生物學(xué)功能

        更新時間:2025-12-22   點(diǎn)擊次數(shù):208次

        染色質(zhì)重塑復(fù)合物是真核生物染色質(zhì)結(jié)構(gòu)的關(guān)鍵調(diào)控因子,通過ATP水解提供能量,調(diào)控核小體的組裝、滑動、驅(qū)逐及組蛋白變體替換,進(jìn)而影響基因轉(zhuǎn)錄、DNA修復(fù)及基因組穩(wěn)定性。與酵母和動物相比,植物作為固著生物,需持續(xù)應(yīng)對復(fù)雜多變的環(huán)境脅迫,其染色質(zhì)重塑復(fù)合物即保留保守特征,又進(jìn)化出獨(dú)特的物種特異性,成為植物實(shí)現(xiàn)環(huán)境適應(yīng)性反應(yīng)的重要分子基礎(chǔ)。近年來,借助生物化學(xué)、表觀基因組學(xué)及蛋白質(zhì)組學(xué)等前沿技術(shù),植物染色質(zhì)重塑機(jī)制的研究取得了一系列突破性進(jìn)展

        2025年9月1日,中山大學(xué)聯(lián)合北京生命科學(xué)研究所團(tuán)隊在植物領(lǐng)域頂刊Molecular Plant在線發(fā)表了題為“Chromatin remodeling in plants: Complex composition, mechanistic diversity, and biological functions"的綜述文章。文章系統(tǒng)闡述了植物染色質(zhì)重塑復(fù)合物的組成特征、作用機(jī)制及核心生物學(xué)功能,深入探討了其在作物改良中的應(yīng)用潛力與未來研究方向,為植物表觀遺傳學(xué)領(lǐng)域的研究提供了重要參考。

        植物中的染色質(zhì)重塑:復(fù)合物組成、機(jī)制多樣性及生物學(xué)功能

        植物染色質(zhì)重塑的整體概述

        染色質(zhì)重塑是酶介導(dǎo)的ATP依賴過程,這些酶(即染色質(zhì)重塑因子)通過水解ATP調(diào)節(jié)組蛋白與DNA的相互作用,并通過核小體組裝、滑動、驅(qū)逐及組蛋白變體整合等方式調(diào)控DNA可及性。所有重塑因子均具有ATP酶結(jié)構(gòu)域,且屬于ATP依賴的解旋酶超家族2(SF2)。在SF2超家族中,與釀酒酵母Snf2p解旋酶樣結(jié)構(gòu)域序列相似的蛋白質(zhì)構(gòu)成了SNF2家族。基于序列同源性,這些SNF2家族酶可劃分為6個主要類別(SNF2-like、SWR1-like、RAD54-like、RAD5/16-like、SSO1653-like和SMARCAL1-like),包含24個亞家族。擬南芥基因組中含有41個SNF2蛋白,這些蛋白也歸入上述6個類別,涵蓋了24個亞家族中的18個。

        植物中的染色質(zhì)重塑:復(fù)合物組成、機(jī)制多樣性及生物學(xué)功能

        表1. 擬南芥中SNF2家族染色質(zhì)重塑因子

        在SNF2家族中,研究最深入的成員包括SWI/SNF、ISWI、CHD、INO80和SWR1。盡管它們均含有保守的ATP酶結(jié)構(gòu)域,但在輔助結(jié)構(gòu)域上存在顯著差異:SWI/SNF含HSA與溴結(jié)構(gòu)域,ISWI以SANT和SLIDE結(jié)構(gòu)域?yàn)樘卣鳎珻HD具有串聯(lián)染色質(zhì)結(jié)構(gòu)域,INO80和SWR1則具有帶長插入序列的分裂ATP酶結(jié)構(gòu)域。

        植物中的染色質(zhì)重塑:復(fù)合物組成、機(jī)制多樣性及生物學(xué)功能

        圖1. SWI/SNF、ISWI、CHD、INO80和SWR1染色質(zhì)重塑ATP酶的結(jié)構(gòu)域結(jié)構(gòu)

        不同亞家族的染色質(zhì)重塑因子具有獨(dú)特的生化活性和功能屬性:

        1. SWI/SNF亞家族:可通過核小體滑動、組蛋白八聚體驅(qū)逐或二聚體置換改變?nèi)旧|(zhì)可及性,是推動染色質(zhì)開放和轉(zhuǎn)錄激活的關(guān)鍵因子;

        2. ISWI和CHD亞家族:主要介導(dǎo)核小體組裝和間距調(diào)控,其DNA結(jié)合結(jié)構(gòu)域可作為“分子標(biāo)尺",通過選擇性識別和量化核小體間的連接DNA片段,實(shí)現(xiàn)核小體間距的精準(zhǔn)調(diào)控。

        3. INO80和SWR1亞家族:核心功能為核小體編輯,包括組蛋白變體的整合或排除,其中對H2A變體H2A.Z的調(diào)控尤為關(guān)鍵。值得注意的是,擬南芥中還存在ISWI重塑因子與SWR1復(fù)合體協(xié)同作用的植物機(jī)制。此外,DDM1、DRD1等SNF2家族成員可參與調(diào)控植物DNA甲基化與轉(zhuǎn)錄沉默,不過其相關(guān)分子機(jī)制仍待深入研究。

        植物染色質(zhì)重塑復(fù)合的亞基組成

        近年來,通過免疫沉淀-質(zhì)譜分析等技術(shù),植物SWI/SNF、ISWI、INO80和SWR1復(fù)合物的亞基組成已逐步明確,同時還發(fā)現(xiàn)了多個植物的亞復(fù)合體或亞基。

        (一)SWI/SNF復(fù)合體

        SWI/SNF復(fù)合體最初在釀酒酵母中通過遺傳篩選發(fā)現(xiàn),其同源物廣泛存在于果蠅、哺乳動物、擬南芥等真核生物中。不同物種的SWI/SNF亞復(fù)合體組成存在差異:哺乳動物中BRG1/BRM可形成cBAF、pBAF、ncBAF三種亞復(fù)合體;酵母中存在SWI/SNF和RSC兩種,核心酶分別為Swi2/Snf2與Sth1;果蠅Brahma蛋白可組裝成BAP和PBAP兩種亞復(fù)合體。

        擬南芥SWI/SNF亞家族含BRM、SYD、MINU1/2四種ATP酶,其中SYD與MINU1/2具有植物結(jié)構(gòu)域。近期研究明確其可形成三種亞復(fù)合體:以BRM為核心的BAS、以SYD為核心的SAS和以MINU1/2為核心的MAS,其中BAS還可進(jìn)一步分為功能特異的BAS-A(含SWP73A)和BAS-B(含SWP73B)

        三種亞復(fù)合體共享BCL7A/B、ARP4/7等亞基,同時各有特異性成分:BAS含SWI3C、BRIP1/2等亞基,其中BRIP1/2負(fù)責(zé)維持復(fù)合體穩(wěn)定性,BRD1/2/13介導(dǎo)復(fù)合體的靶標(biāo)招募;SAS含SWI3D、SYS1/2/3;MAS含SWI3A、SWI3B及多種亞基。此外,BCL7A/B可對BAS活性進(jìn)行精細(xì)調(diào)控。

        與哺乳動物相比,植物SWI/SNF復(fù)合體有顯著特征:各亞復(fù)合體使用不可交換的ATP酶;SAS和MAS缺乏哺乳動物同源亞基,進(jìn)化出SYS1/2/3等植物成分,是植物的SWI/SNF復(fù)合體。

        (二)ISWI復(fù)合

        ISWI亞家族重塑因子最初從果蠅中純化獲得,果蠅中其可形成NURF、ACF等多種亞復(fù)合體。哺乳動物含SNF2L、SNF2H兩種ISWI同源物,二者分別與非催化亞基組裝形成八種不同復(fù)合體,其中SNF2H呈廣泛表達(dá)模式,SNF2L具有組織特異性表達(dá)特征。

        擬南芥的ISWI重塑因子為CHR11與CHR17,DDT結(jié)構(gòu)域蛋白是其復(fù)合體的重要組成部分。擬南芥基因組中12個DDT蛋白可分為5類,不同DDT蛋白與CHR11/17可組裝形成CRAF、CDM、CDD三種ISWI亞復(fù)合體:

        1. CRAF復(fù)合體:由I類DDT蛋白RLT1/2與植物亞基ARID5、FHA2組成

        2. CDM復(fù)合體:包含III類DDT蛋白DDP1/2/3及保守亞基MSI3(其同源物存在于果蠅和哺乳動物ISWI復(fù)合體中)

        3. CDD復(fù)合體:涵蓋IV、V類DDT蛋白(如DDR1/3/4/5、DDW1),且未鑒定出其他亞基。

        植物亞基ARID5、FHA2與CHR11/17的相互作用,提示CHR11/17在植物中可能具有特化功能。

        (三)CHD復(fù)合體

        CHD因子以染色質(zhì)結(jié)構(gòu)域、解旋酶結(jié)構(gòu)域及類DNA結(jié)合基序?yàn)樘卣鳎叩日婧松镏蟹譃镃HD1、Mi-2/CHD3、CHD7三個亞家族。釀酒酵母僅含Chd1一種CHD蛋白,而哺乳動物各亞家族成員則具有豐富多樣性。CHD ATP酶可通過單體或復(fù)合體形式發(fā)揮作用,例如人類CHD3參與組蛋白去乙酰化復(fù)合體的構(gòu)成,酵母Chd1常以單體形式執(zhí)行功能。

        植物中CHD1亞家族為單成員代表,擬南芥是CHR5,水稻是CHR705,均含保守串聯(lián)染色質(zhì)結(jié)構(gòu)域。擬南芥CHD3亞家族有PKL、PKR1、PKR2三個成員,水稻則為CHR702等三個成員。PKL被認(rèn)為主要以單體形式存在,體外實(shí)驗(yàn)證實(shí)其可催化ATP依賴的染色質(zhì)重塑,但它是否依賴復(fù)合體發(fā)揮作用仍待驗(yàn)證。

        (四)INO80和SWR1復(fù)合體

        INO80與SWR1因含帶長插入序列的分裂ATP酶結(jié)構(gòu)域,同屬INO80/SWR1亞家族。哺乳動物中SWR1有SRCAP、P400兩個同源物,該家族共含INO80、SRCAP、P400三個成員,均能形成多亞基復(fù)合體,其中INO80復(fù)合體分為ATP酶、HSA、NTD三個模塊。

        擬南芥INO80復(fù)合體含20個亞基,與動物保守的HSA及ATP酶互作亞基對其活性至關(guān)重要,而多數(shù)植物NTD相關(guān)亞基則為非必需組分。其NTD模塊還含特化III類COMPASS復(fù)合體這一植物單元。

        擬南芥SWR1復(fù)合體以PIE1為ATP酶,含多個保守亞基及TRA1A/B等植物亞基,其中CHR11/17同時也是ISWI復(fù)合體的ATP酶。ARP4是SWR1與INO80復(fù)合體的共享成分,在植物中還存在于SWI/SNF等復(fù)合體中,可能參與調(diào)控染色質(zhì)相關(guān)的關(guān)鍵生物學(xué)過程。INO80與SWR1對RIN1/2的共享利用具有進(jìn)化保守性,但這些共享亞基在不同復(fù)合體中的功能差異仍需進(jìn)一步闡明。

        植物中的染色質(zhì)重塑:復(fù)合物組成、機(jī)制多樣性及生物學(xué)功能

        圖2. 植物中SWI/SNF、ISWI、INO80和SWR1染色質(zhì)重塑復(fù)合體的亞基組成

        染色質(zhì)重塑與組蛋白修飾及DNA甲基化的關(guān)聯(lián)

        除染色質(zhì)重塑外,DNA甲基化、組蛋白修飾和非編碼RNA等過程共同參與染色質(zhì)動態(tài)調(diào)控。染色質(zhì)重塑復(fù)合體可通過改變?nèi)旧|(zhì)結(jié)構(gòu),提高DNA甲基轉(zhuǎn)移酶和組蛋白修飾酶對底物的可及性,從而促進(jìn)位點(diǎn)特異性修飾的發(fā)生;反之,組蛋白修飾酶通過位點(diǎn)特異性表觀標(biāo)記促進(jìn)染色質(zhì)重塑因子的招募,進(jìn)而導(dǎo)致染色質(zhì)結(jié)構(gòu)進(jìn)一步改變。這種相互作用形成調(diào)控反饋環(huán),通過染色質(zhì)重塑與表觀修飾的協(xié)同作用,實(shí)現(xiàn)對基因表達(dá)狀態(tài)的協(xié)調(diào)調(diào)控。

        (一)染色質(zhì)重塑與組蛋白修飾的關(guān)聯(lián)

        植物染色質(zhì)重塑因子可通過亞基識別特定組蛋白修飾,或與修飾酶協(xié)同/拮抗作用,實(shí)現(xiàn)功能靶向性調(diào)控。擬南芥SWI/SNF復(fù)合體的BAS亞基BRD1/2/13可通過溴結(jié)構(gòu)域識別組蛋白乙酰化,MAS亞基BRD5結(jié)合H4K5ac、TPF1識別H3K4me3,二者均靶向轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)附近的修飾區(qū)域;而SAS亞基缺乏修飾識別結(jié)構(gòu)域,依賴轉(zhuǎn)錄延伸因子SPT6L定位于遠(yuǎn)端調(diào)控區(qū),且SAS缺失會增強(qiáng)BAS在轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)的占據(jù)率。

        SWI/SNF與組蛋白修飾酶的相互作用具有功能特異性:BAS中的BRM可分別與HDA6、HAC1協(xié)作,通過去乙酰化抑制LPRs轉(zhuǎn)錄、通過乙酰化激活氣孔發(fā)育基因;SAS的SYD與GCN5協(xié)同促進(jìn)花發(fā)育基因表達(dá);MAS的SWI3B與HDA6共同抑制轉(zhuǎn)座子的活性。SWI/SNF與PRC2(可催化抑制性修飾H3K27me3)的作用關(guān)系較為復(fù)雜,BRM/SYD可通過阻斷PRC2結(jié)合或招募REF6去甲基化酶拮抗其功能,SYD在特定位點(diǎn)也可與PRC2產(chǎn)生協(xié)同作用。

        ISWI復(fù)合體的CRAF亞基ARID5可通過PHD/ARID結(jié)構(gòu)域結(jié)合H3K4me3,CDM亞基DDP1的PHD結(jié)構(gòu)域同樣能識別H3K4me3,但植物ISWI與PRC2的功能關(guān)聯(lián)尚待證實(shí)。在CHD家族中,水稻CHR729可通過染色質(zhì)結(jié)構(gòu)域結(jié)合H3K4me2,擬南芥PKL則與PRC2發(fā)生物理結(jié)合,借助ATP酶活性增加核小體密度,促進(jìn)H3K27me3的擴(kuò)散以維持沉默記憶,同時還可與HDA6/9或ATX1作用,分別通過去乙酰化抑制基因表達(dá)或通過H3K4me3激活FT基因表達(dá)。

        在SWR1/INO80亞家族中,SWR1的YAF9A可結(jié)合組蛋白H3,AL蛋白通過識別H3K4me3輔助其招募;INO80的NTD模塊整合了COMPASS-III復(fù)合體,可促進(jìn)H3K4me3沉積與轉(zhuǎn)錄激活,且PIF4招募INO80后還能協(xié)同延伸因子增強(qiáng)RNA聚合酶II的活性。

        植物中的染色質(zhì)重塑:復(fù)合物組成、機(jī)制多樣性及生物學(xué)功能

        圖3. 染色質(zhì)重塑與組蛋白修飾的關(guān)聯(lián)性

        (二)染色質(zhì)重塑與DNA甲基化的關(guān)聯(lián)

        植物DNA甲基化的從頭建立(RdDM通路)與維持過程均依賴染色質(zhì)重塑因子的參與。RAD54樣的CLSYs輔助PolIV生成24nt siRNAs,其中CLSY3可調(diào)控精子的可遺傳甲基化;DRD1與DMS3/RDM1形成DDR復(fù)合體,招募PolV至靶位點(diǎn),通過長非編碼RNA引導(dǎo)DRM2建立從頭甲基化。SNF2樣的DDM1是維持甲基化的關(guān)鍵因子,其可通過重塑活性促進(jìn)MET1靶向異染色質(zhì)區(qū)域,還能整合H2A.W、介導(dǎo)H3.3向H3.1替換,并與MET1/HDA6協(xié)同維持著絲粒周圍區(qū)域的沉默。

        此外,其他重塑復(fù)合體也可參與甲基化調(diào)控:SWI/SNF的SWI3B與RdDM通路成分IDN2結(jié)合,通過核小體定位抑制基因轉(zhuǎn)錄;CHD因子PKL突變會導(dǎo)致半數(shù)RdDM靶位點(diǎn)出現(xiàn)甲基化異常;SWR1的MBD9識別IDM1介導(dǎo)的組蛋白乙酰化,招募復(fù)合體整合H2A.Z,進(jìn)而輔助ROS1完成DNA去甲基化。這些發(fā)現(xiàn)表明,重塑因子可同時參與甲基化的建立、維持與去除過程,但各類因子之間的協(xié)調(diào)機(jī)制仍需深入研究。

        植物中的染色質(zhì)重塑:復(fù)合物組成、機(jī)制多樣性及生物學(xué)功能

        圖4. 染色質(zhì)重塑介導(dǎo)DNA甲基化

        染色質(zhì)重塑復(fù)合物與轉(zhuǎn)錄因子的相互作用

        染色質(zhì)重塑因子的基因組靶向性大多依賴轉(zhuǎn)錄因子(TFs),二者相互作用是染色質(zhì)動態(tài)調(diào)控的關(guān)鍵——重塑復(fù)合體可通過重塑染色質(zhì)結(jié)構(gòu),為轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合創(chuàng)造可及性條件;轉(zhuǎn)錄因子(包括先鋒轉(zhuǎn)錄因子)則可通過順式作用元件招募重塑因子。以下為植物中各類重塑復(fù)合體與轉(zhuǎn)錄因子的相互作用研究進(jìn)展:

        (一)與SWI/SNF復(fù)合體相互作用的轉(zhuǎn)錄因子

        擬南芥中存在大量與SWI/SNF復(fù)合體亞基發(fā)生相互作用的轉(zhuǎn)錄因子。BRM、SYD等亞基可與MP、BP等花序發(fā)育相關(guān)因子,以及AG、AP1等花身份調(diào)控因子協(xié)同作用;先鋒轉(zhuǎn)錄因子LFY能夠招募BRM和SYD,激活植物的花發(fā)育命運(yùn),SAS亞復(fù)合體還可為花發(fā)育基因構(gòu)建染色質(zhì)可及性狀態(tài),助力AP1結(jié)合。

        在激素信號通路中 ,TCP4(細(xì)胞分裂素相關(guān))、BZR1(油菜素類固醇相關(guān))、DELLA蛋白(赤霉素相關(guān))等均能與SWI/SNF亞基互作,調(diào)控生長發(fā)育相關(guān)基因的表達(dá);ABA信號通路中,MYB41可招募BRM與HDA6抑制自身表達(dá)。此外,ICE1等脅迫相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子也可與SWI/SNF亞基LFR結(jié)合,參與植物的抗凍等脅迫響應(yīng)。

        (二)與CHD復(fù)合體(PKL)相互作用的轉(zhuǎn)錄因子

        VAL1/VAL2可在全基因組范圍內(nèi)促進(jìn)PKL的招募,同時PKL還能與多種功能轉(zhuǎn)錄因子發(fā)生互作:與BZR1、CKH1協(xié)同調(diào)控激素響應(yīng)基因,與LUX介導(dǎo)DOG1表達(dá)的晝夜節(jié)律調(diào)控;與RBR1共同抑制LBD16啟動子活性;與PIF3、HY5協(xié)同促進(jìn)暗形態(tài)建成;還可被CO招募至FT位點(diǎn),調(diào)控植物的開花過程。

        (三)與INO80/SWR1復(fù)合體相互作用的轉(zhuǎn)錄因子

        INO80復(fù)合體可被PIF4、PIF7等轉(zhuǎn)錄因子招募,通過去除H2A.Z、調(diào)控H3.3沉積,參與植物的溫度響應(yīng)和光照信號調(diào)控;EIN3可在溫暖溫度下與INO80協(xié)同調(diào)控組蛋白修飾。在辣椒中,SWR1復(fù)合體的SWC4可與AGL8互作,激活植物的耐熱性相關(guān)響應(yīng)。目前僅證實(shí)MADS轉(zhuǎn)錄因子可與植物ISWI復(fù)合體共同純化,其潛在轉(zhuǎn)錄因子相互作用網(wǎng)絡(luò)仍有待進(jìn)一步探索。

        植物中的染色質(zhì)重塑:復(fù)合物組成、機(jī)制多樣性及生物學(xué)功能

        圖5. 染色質(zhì)重塑組分與轉(zhuǎn)錄因子(TFs)的功能相互作用

        染色質(zhì)重塑在植物生長發(fā)育和脅迫響應(yīng)中的作用

        各類染色質(zhì)重塑復(fù)合體是植物生長發(fā)育和脅迫適應(yīng)的核心調(diào)控因子。SWI/SNF復(fù)合體的BRM、SYD等亞基可參與植物細(xì)胞多能性維持、器官發(fā)育(花、葉、種子)及激素信號傳導(dǎo),其編碼基因的缺失會導(dǎo)致植物生長遲緩、花形態(tài)異常等表型,雙突變體則會出現(xiàn)致死現(xiàn)象;同時,該復(fù)合體還可通過調(diào)控脅迫響應(yīng)基因,平衡植物在高溫、干旱、低溫及病原體侵染等逆境下的生長與抗性。

        ISWI復(fù)合體的CHR11/17可調(diào)控細(xì)胞擴(kuò)張、營養(yǎng)生長向生殖生長的轉(zhuǎn)變及開花時間,其突變體表現(xiàn)出早花、花器官不育等發(fā)育缺陷,且能通過抑制防御基因避免植物產(chǎn)生異常免疫反應(yīng)。CHD家族的PKL可參與根分生組織活性調(diào)控、發(fā)育階段轉(zhuǎn)變及激素信號整合,同時調(diào)控植物的冷脅迫和耐旱性,其突變體呈現(xiàn)多器官發(fā)育缺陷表型。INO80/SWR1復(fù)合體通過H2A.Z沉積與去除,調(diào)控植物的開花、光形態(tài)建成和DNA修復(fù)過程,還能參與熱形態(tài)發(fā)生及真菌防御響應(yīng)。

        作物中的染色質(zhì)重塑

        染色質(zhì)重塑在水稻、玉米、大豆等作物的生長適應(yīng)過程中發(fā)揮著關(guān)鍵作用。水稻基因組含有40個SNF2家族蛋白,其中SWI/SNF亞家族的OsBRM、OsSYD可調(diào)控胚胎發(fā)育與芽的建立,ISWI亞家族的OsCHR11負(fù)調(diào)控細(xì)菌性葉枯病抗性、正調(diào)控耐冷性;CHD家族的CHR729會影響種子萌發(fā)、分蘗及葉綠體發(fā)育,并通過調(diào)控H3K4和H3K27甲基化發(fā)揮作用;OsINO80參與赤霉素合成與轉(zhuǎn)座子沉默,SWR1復(fù)合體亞基OsYAF9、OsSWC4促進(jìn)節(jié)間伸長;SMARCAL1亞家族的LF2是小穗發(fā)育關(guān)鍵調(diào)控因子。

        玉米ZmCHB101在低氮條件下調(diào)節(jié)根生長,大豆GmLFR1負(fù)調(diào)控耐旱性,小麥PKL會影響種子萌發(fā)。盡管部分作物重塑因子的功能已得到表征(如水稻LF2調(diào)控小穗發(fā)育),但多數(shù)因子的作用機(jī)制仍尚不明確,有待進(jìn)一步深入研究。

        研究展望

        當(dāng)前植物染色質(zhì)重塑研究仍存在諸多不足,多數(shù)SNF2亞家族成員功能未明,復(fù)合物間協(xié)同機(jī)制不清,DNA修復(fù)與染色質(zhì)重塑的關(guān)聯(lián)尚未深入,且缺乏冷凍電鏡解析的復(fù)合物結(jié)構(gòu)。未來需結(jié)合TurboID鄰近標(biāo)記等新技術(shù),捕獲重塑因子與未知蛋白的瞬時相互作用,解析植物亞基的結(jié)構(gòu)功能,為作物遺傳改良提供理論支撐。。

        相關(guān)技術(shù)服務(wù)推薦

        為支撐染色質(zhì)重塑領(lǐng)域的深入研究,我司提供以下核心技術(shù)服務(wù),覆蓋復(fù)合物組成分析、表觀遺傳修飾檢測、蛋白互作驗(yàn)證等關(guān)鍵研究方向:

        表觀遺傳修飾檢測:ATAC-seq(染色質(zhì)可及性分析)、ChIP-seq(組蛋白修飾與轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)鑒定)、CUT&Tag(低輸入樣本的組蛋白修飾與蛋白-DNA互作檢測)、DAP-seq(轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)鑒定);

        蛋白互作驗(yàn)證:蛋白 Pull Down(體外驗(yàn)證蛋白- DNA / 蛋白-蛋白互作)、Co-IP/MS(體內(nèi)鑒定復(fù)合物組成與互作蛋白)、BiFC(活細(xì)胞內(nèi)蛋白互作可視化);

        其他關(guān)聯(lián)技術(shù):RNA-seq(基因表達(dá)譜分析)、DNA 甲基化測序(全基因組DNA甲基化水平檢測)、質(zhì)譜分析(復(fù)合物亞基鑒定與定量)。



        聯(lián)


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