1.軟件介紹及下載安裝
Gephi是一款開源、免費軟件，可用于各種圖形和網絡的可視化，是主流網絡可視化軟件之一。在生物科學領域，常用于基因共表達網絡、蛋白互作網絡、微生物相互關系網絡等等類似的網絡圖形繪制。
安裝包約100MB左右，安裝過程比較簡單，一直確認/下一步就好了。目前該軟件支持多種語言界面包括英語、中文等。
2.界面簡介
3.數據準備與說明
跟所有網絡圖繪制工具一樣，Gephi同樣需要導入類似網絡圖格式數據。一般簡單常見的網絡圖數據包括：edges(邊文件)和nodes(節(jié)點文件)。格式如下：
edges(邊文件)記錄了邊的數據，是網絡圖的核心，簡單的邊文件由三列組成：source、target、weight。以下是解釋：
source：該邊的起點、出發(fā)點、源。
target：該邊的終點、目標。
weight：邊的權重，用數值表示，不考慮權重的可全部設置為1。
colour：設置相關性（例如正相關設置為紅色，負相關設置為藍色）
nodes(節(jié)點文件)用于描述點的屬性，對最基本的網絡圖而言是可有可無的。如導入節(jié)點文件必須注意id列：
id：點的ID，應與邊文件中的source、target內容匹配。
除以上的基礎列外，我們還能添加任意名稱的任意列，用于圖形中表達。如上面的節(jié)點文件則添加了一列kingdom，繪圖時將kingdom映射顏色選項，即可用不同顏色表示不同的kingdom分類。
4.數據導入
導入方式很簡單，如下圖：文件 -> 導入電子表格
先選擇已準備好的邊文件，Gephi會自動識別文件的格式與數據類型，如測試數據為CSV格式，自動檢測分隔符為逗號。
點擊下一步，可以勾選想要導入的列和調整數據類型，因為source和target是必須的，所以顯示為灰色必選。
點擊完成，會展示輸入報告?？煽吹綄氲墓?jié)點數和邊數，圖的類型可選【有向】和【無向】，若選【有向】，網絡圖的邊將會出現(xiàn)小箭頭，以表示邊的指向。右邊兩個選項分別是將數據導入到【新工作區(qū)】和【添加到現(xiàn)在的工作區(qū)】。現(xiàn)在我們沒創(chuàng)建工作區(qū)所以選【新工作區(qū)】，而接下來導入節(jié)點文件時，我們將選【添加到現(xiàn)在的工作區(qū)】。
然后再導入節(jié)點文件，過程一樣就不再貼圖了，注意最后一項要選【添加到現(xiàn)在的工作區(qū)】。
5.圖形調整
剛導入的邊和節(jié)點數據可以在【數據表格】里看到，另外如果用到右邊的統(tǒng)計方法，其計算結果也會保存在這里。
在右框可以計算平均度和模塊化等，點擊“運行"，獲得統(tǒng)計結果，后彈出方框后退出即可。
剛導入數據后可以看到圖區(qū)是亂糟糟的一團，圖界面下方可以調節(jié)邊的權重尺度，標簽是否顯示，選擇顯示標簽，字體大小尺度等。
回到圖形界面，我們在布局區(qū)里的選擇一個布局方法，這里用【Fruchterman Reingold】，大家也可以嘗試不同的布局。點擊【運行】，軟件會按照算法對網絡圖進行布局調整，待圖形穩(wěn)定后再點擊【停止】。也可以拖動圖上的點手動調整點的位置。
現(xiàn)在看起來就比較規(guī)整，關系密切的點聚集到一塊，而且可以看到邊的線條有粗細之分，其實就是邊數據的weight權重映射到線條寬度上，權重大的線條就粗。
純黑白的太單調了，給它點顏色瞧瞧?。?！
可以用節(jié)點文件附加的kingdom列以及邊文件中colour用來映射顏色，我們在外觀設置區(qū)選擇【節(jié)點->分割】，在【選擇一種渲染方式】的下拉菜單里會有點文件數據里的各屬性列，選擇之后Gephi會給kingdom列的各項自動分配一個顏色，也可手動調整，再點擊【應用】。
接下來調整節(jié)點的大小。在外觀設置區(qū)選擇【節(jié)點->大小->排名】，下拉菜單里有一個默認選項【度】，即按照點的連接數調整點的大小，連接多的點就大，尺寸范圍也可以調整。或者利用右邊的統(tǒng)計工具計算一下【平均加權度】再映射到節(jié)點的大小上，如此圖形的表現(xiàn)就更豐富了。
6.圖形導出
進入【預覽】界面，可以預覽導出的圖形；進入【預覽設置】界面，還有很多可選可調的參數，如邊的【彎曲】【透明度】等。下方的【刷新】按鈕用于刷新預覽圖形，【SVG/PDF/PNG】按鈕用于將圖形導出至不同的格式。最后導出圖片。
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