DAP-seq
在基因組水平上，鑒定轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點（transcription factor binding sites, TFBS）非常重要。ChIP-seq是進行體內(nèi)檢測TFBS的主要方法。然而，ChIP-seq依賴于抗體質(zhì)量，這對低表達的蛋白質(zhì)具有很大的挑戰(zhàn)性。所以，ChIP-seq通常在規(guī)模上受到限制，難以進行高通量擴展。因此，只有少數(shù)轉(zhuǎn)錄因子可以獲得結(jié)合位點信息，大量TFBS的覆蓋范圍僅適用于人類和一些模式生物。
DAP-seq具有與ChIP-seq同樣的功能。通過體外蛋白表達技術(shù)，表達出帶有標簽的轉(zhuǎn)錄因子，和基因組DNA文庫在體外進行結(jié)合，然后分離出所有與轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合的DNA，再使用高通量測序，找到轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點。
DAP-seq是ChIP-seq的重要補充方法，可以應用于模式和非模式物種，一般來說，有參考基因組的物種都可以進行DAP-seq，如果沒有參考基因組，數(shù)據(jù)下機之后是無法進行數(shù)據(jù)分析的，但是可以考慮使用近緣物種的參考基因組進行分析。
藍景科信河北生物科技有限公司 客戶發(fā)表文章：
2022年8月，廣西大學農(nóng)學院甘蔗生物學重點實驗室/亞熱帶農(nóng)業(yè)生物資源保護與利用國家重點實驗室張木清/姚偉研究團隊在Journal of Experimental Botany（IF=7.298）在線發(fā)表了題為“ScAIL1 modulates plant defense responses by targeting DELLA and regulating GA and JA signaling"的研究論文，該研究發(fā)現(xiàn)了一個甘蔗新的AP2家族轉(zhuǎn)錄因子ScAIL1，通過靶向DELLA調(diào)節(jié)JA與GA合成，平衡植物生長與防御。
2022年8月，安徽農(nóng)業(yè)大學、中國水稻研究所和上海市農(nóng)業(yè)科學院作物育種栽培研究所在The Plant Journal（IF=5.726）期刊聯(lián)合發(fā)表了題為“OsSGT1 promotes melatonin-ameliorated seed tolerance to chromium stress by affecting the OsABI5-OsAPX1 transcriptional module in rice"的文章，揭示了OsSGT1和ABI5相互作用，調(diào)控OsAPX1的表達，促進褪黑素改善種子在鉻污染條件下萌發(fā)的分子機制。
2022年8月，揚州大學生物科學與技術(shù)學院、植物功能基因組學教育部重點實驗室高勇課題組在The Plant Cell（IF=12.085）上在線發(fā)表了題為“Phytochrome Interacting Factor Regulates Stomatal Aperture by Coordinating Red Light and Abscisic Acid"的研究論文，揭示了光敏色素互作因子（phytochrome interacting factors, PIFs）通過協(xié)調(diào)紅光和脫落酸（ABA）信號調(diào)節(jié)氣孔開度的分子機制。
2022年7月，北京市農(nóng)林科學院玉米DNA指紋及分子育種北京市重點實驗室、齊魯師范大學玉米分子育種研究院的共同研究成果，在Theoretical and Applied Genetics(IF=5.574)上發(fā)表，題目為“ A newly characterized allele of ZmR1 increases anthocyanin content in whole maize plant and the regulation mechanism of diferent ZmR1 alleles"。本文主要研究內(nèi)容是鑒定了玉米花青素合成相關等位基因ZmR1CQ01，并揭示了3個ZmR1等位基因的生物學功能和分子調(diào)控機制。
2022年5月，中科院植物所王雷研究組在Plant Physiology（IF=8.005）期刊上發(fā)表了題為“Rice CIRCADIAN CLOCK ASSOCIATED1 transcriptionally regulates ABA signaling to confer multiple abiotic stress tolerance"的研究成果。該研究揭示了OsCCA1調(diào)控水稻適應鹽脅迫、干旱脅迫以及滲透脅迫的分子機制。其中，該研究使用了DNA親和純化測序技術(shù)（DAP-seq，DNA Affinity Purification Sequencing），鑒定了水稻生物鐘核心組分OsCCA1（Oryza sativa CIRCADIAN CLOCK ASSOCIATED 1）調(diào)控的下游靶基因。
2020年4月，北京工商大學與藍景科信合作，Biochemical and Biophysical Research Communications（IF=3.322）發(fā)表了題為“ Phytochrome-interacting factors regulate seedling growth through ABA signaling"的文章，為揭示PIFs轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控ABA信號轉(zhuǎn)導機制提供了重要線索。
2019年9月，北京林業(yè)大學和藍景科信合作，在植物學主流學術(shù)期刊Journal of Experimental Botany上（IF=5.36），發(fā)表了題為“Populus euphratica WRKY1 binds the promoter of H±ATPase gene to enhance gene expression and salt tolerance"的研究成果。該研究借助DNA親和純化測序（DNA Affinity Purification Sequencing，DAP-seq）技術(shù)，深入揭示了胡楊耐鹽的分子機制。
咨詢電話